农村自建房在离婚时的分割主要依据《民法典》的相关规定，具体可以分为以下几种情况：
如果农村自建房是一方婚前建造，且建造时另一方没有出资，那么该房屋属于该方的婚前个人财产，离婚时不用进行分割。
如果农村自建房是在婚姻关系存续期间建造的，则属于夫妻共同财产。双方可以协商处理，协商不成的，由法院根据照顾子女、女方及无过错方的原则判决。
如果父母在宅基地上建房为子女结婚居住使用，且房屋是以子女的名义报建的，又是婚后建造，一般视为对子女夫妻双方的赠与，该房屋为子女的夫妻共同财产，除非双方另有约定。
对于婚前男女双方的家庭共同出资建造的房屋，如果是以一方父母名义取得批准用地的，一般视为该方的家庭财产，离婚时取得房屋的一方负有返还对方资助款项的义务。如果房产或原属一方父母的房产没有明确给夫妻双方的，该房产也不能作为共同财产予以分割。
如果房屋是一方婚前建造，婚后夫妻双方共同居住使用的，若无其它约定，该房屋应归婚前建造房屋的一方所有。
在双方无法协商一致的情况下，法院可以根据具体情况判决由当事人使用，并告知当事人待房屋取得完全所有权后另行起诉，不直接判决该房屋所有权的归属。
建议
在实际操作中，建议先尝试通过协商的方式解决分割问题。如果协商无果，可以考虑向法院提起诉讼，由法院根据具体情况进行判决。在分割过程中，应充分考虑子女、女方和无过错方的权益，确保公平合理。